Spiderwick Chronicles berkisah tentang tiga anak: Mallory, Jared, dan Simon Grace yang pindah ke Spiderwick Estate setelah orangtua mereka bercerai. Spiderwick Estate adalah rumah tua yang "lebih mirip selusin pondok dijadikan satu" milik bibi buyut dari pihak ibu mereka, Lucinda. Begitu masuk rumah tua itu, Jared---si badung---sudah mendengar ada yang bergerak dalam dinding. Tadinya dia menyangka yang bergerak itu bajing. Kedua saudaranya membantunya mencari asal suara itu. Mallory---si sok jago yang ahli main anggar---membongkar dinding, dan menemukan sarang "si bajing". Mereka juga menemukan lift makanan yang saat dikerek naik ternyata mencapai perpustakaan rahasia Arthur Spiderwick, ayah Lucinda. Di perpustakaan rahasia itu, Jared menemukan Panduan Lapangan Arthur Spiderwick bagi Dunia Fantastis di Sekitarmu. Buku itu sangat menarik, isinya tentang berbagai makhluk sejenis peri. Tapi penemuannya merupakan awal malapetaka. Tanpa penjelasan yang logis, keesokannya Mallory ditemukan terikat di tempat tidurnya dengan lengan memar-memar. Beberapa hari kemudian dapur mereka berantakan. Dan Jared menjadi tertuduh. Dia mencari jawabannya dari Panduan Lapangan, dan akhirnya ketiga anak itu berkenalan dengan Thimbletack, si boggart/brownie yang nakal (makhluk ini bisa berubah wujud. Kalau jadi boggart dia nakal, kalau jadi brownie baik. Mungkin kalau versi Indonesia sejenis tuyul), pelaku berbagai kejahilan dalam rumah itu karena sarangnya dirusak Mallory.