Kurusu Uehara adalah seorang pemuda biasa yang belum menentukan masa depannya.

Suatu hari, saat mengikuti ayahnya, seorang sutradara acara televisi, untuk membuat film dokumenter berlatar belakang kapal perang Yamato, Kurusu tiba-tiba pingsan.

Hal itu membuatnya terbawa ke masa lalu di mana kapal perang Yamato masih berlayar dengan gagah pada Perang Dunia II.

Dengan bantuan Kaiba, seorang kelasi satu di kapal perang Yamato, dimulailah game perang dengan menggunakan Yamato!!