Alkisah dalam KEMI, santri cerdas (Ahmad Sukaimi) terjebak dalam kubangan liberalisme dan terjerat sindikat kriminal pembobol dana-dana asing untuk proyek liberalisasi di Indonesia. Nasib Kemi berujung tragis. Ia disiksa donaturnya sendiri karena dianggap gagal menjalankan misi.
Kini, KEMI 2 berkisah tentang perebutan Kemi oleh sesama aktivis liberal. Kemi diculik dari Rumah Sakit dan dikirim ke pusat pengobatan canggih. Pergulatan Islam dan liberalisme memasuki babak yang semakin seru melibatkan aktor penting bernama Doktor Rajil, pengamat politik terkenal, dan Habib Marzuki, pegiat Islam yang dicap garis keras.
Kecanggihan Doktor Rajil merekayasa proyek liberalisme harus berbenturan dengan suara hati putri kecilnya sendiri yang suatu ketika merajuk pada sang ayah, "Pokoknya Papa jangan liberal, ya...Putri takut, Pa..nanti Papa masuk neraka! Janji ya, Pa! Papa enggak liberal!