Perjalanan Prof. Chun Man Hae dan anak-anak ke masa lalu semakin menegangkan. Kali ini mereka terjebak di Peradaban Suku Maya dan di tahan bersama Raja Suku Maya, Pico. Memanfaatkan kemampuan sains tentang tata surya dan bintang yang dimiliki Pico, mereka pun bekerja sama untuk dapat keluar dari tahanan. Kini misi mereka adalah mencari Kota Para Roh agar dapat mengalahkan anak buah Z Sphere yang telah menguasai istana dan kuil.