Empat tahun sekali, sepasang anak diculik untuk menjadi murid Sekolah Kebaikan dan Kejahatan. Sekolah ajaib itu mendidik murid-muridnya untuk menjadi pahlawan atau penjahat dalam dongeng. Lulusan terbaik akan muncul dalam buku dongeng sebagai tokoh baik dan tokoh jahat, seperti Cinderella, Rumplestiltskin, Rapunzel, penyihir jahat, naga, dan lain-lain. Agatha dan Sophie adalah sepasang sahabat. Dengan gaun pink, sepatu kaca, dan ketaatannya pada kebajikan, Sophie sangat yakin akan menjadi lulusan terbaik Sekolah Kebaikan sebagai putri dalam dongeng. Sementara itu, Agatha, dengan rok terusan warna hitam yang tak berlekuk, kucing peliharaan yang nakal, dan kebenciannya pada hampir semua orang, tampak wajar dan alami untuk menjadi murid Sekolah Kejahatan dan lulus sebagai penyihir. Namun ketika kedua gadis itu diculik, Sophie dibuang ke Sekolah Kejahatan, sementara Agatha dimasukkan ke Sekolah Kebaikan. Sophie yakin telah terjadi kesalahan dan bersikeras ingin masuk ke Sekolah Kebaikan. Sophie melakukan segala cara untuk membuktikan dirinya adalah putri sejati, termasuk berusaha menaklukkan hati Tedros, sang putra Arthur yang menjadi kapten kelas Sekolah Kebaikan. Persahabatan mereka pun terancam hancur karena obsesi Sophie untuk menjadi putri lambat laun mengubahnya menjadi penyihir agung, sementara Agatha yang baik hati perlahan menjelma menjadi putri sejati. Pertempuran besar akhirnya pecah akibat amarah dan ambisi Sophie.